In "Parallele Mütter" kreuzen sich im Kreisssaal die Wege zweier Frauen. Janis, eine etablierte Fotografin, und Ana, ein Teenager, bekommen beide ihr erstes Kind. Später entdeckt Janis, dass ihre Babys im Krankenhaus vertauscht wurden. Almodóvar erzählt von unterschiedlichen Facetten des Mutterseins. Janis lernt den Anthropologen Arturo kennen und bittet ihn um Hilfe in einer Familienangelegenheit: Sie will die Überreste ihres Urgrossvaters ausgraben, der Opfer der Franco-Diktatur war. Dabei entsteht zwischen den beiden eine Affäre und Janis wird schwanger. Dann ist da Teresa, die Mutter von Ana, die sich selbst als "unfähig zur Mutterschaft" bezeichnet. Nach der Scheidung musste sie auf ihre Tochter verzichten und nimmt erst über deren Schwangerschaft wieder Kontakt zu ihr auf. Zugleich ist Anas konservativer Vater der Überzeugung, dass man die Toten in den Massengräbern in Ruhe lassen und keine alten Wunden aufreissen sollte. Die Vergewaltiger seiner minderjährigen Tochter will er auch nicht anzeigen, da er einen Skandal in der Stadt fürchtet. Auch Arturo, der sich der Suche nach der Wahrheit verschrieben hat und mit Leib und Seele nach den Opfern der Diktatur fahndet, ist nicht imstande, seiner krebskranken Ehefrau von seiner neuen Liebe zu Janis und dem gemeinsamen Kind zu erzählen. Janis schafft es nicht, mit Ana über das Geheimnis um das Schicksal ihrer beider Kinder zu sprechen. Almodóvar bricht in seinem Film Spaniens Schweigen über die Franco-Vergangenheit auf.