Depuis quinze ans, quatre tortues transformées en mutants grandissent dans les égouts de New York, en compagnie de leur père adoptif, le rat Splinter. Elles sortent uniquement pour se ravitailler, même si elles rêvent de mener une vie normale. Mais un jour, leur vie prend un virage inattendu. En effet, après avoir battu un gang, elles font la connaissance d'April O'Neil, une apprentie journaliste, qui les aide à affronter le criminel Superfly et son armée de mutants. Les tortues se lancent alors dans une mission au cours de laquelle elles doivent éviter de se faire attraper tout en comptant sur April et leurs victoires pour enfin se faire accepter par les humains...