New York en 1994. Menés par leur leader Optimus Prime, les Autobots s'acclimatent peu à peu à la vie sur Terre. Ils voient un jour arriver des Maximals, des Transformers-animaux qui ont fui leur planète pour échapper à Unicron, une entité cosmique géante qui absorbe des astres. Unicron se dirige justement vers la Terre et envoie en première ligne ses sbires, les Terrorcons. Pour gagner cette nouvelle guerre, les Transformers vont devoir lutter sans merci, épaulés par Noah Diaz, un ancien expert en électronique dans l'armée aujourd'hui sans emploi, et Elena Wallace, une jeune archéologue en manque de considération...