Der kleine Tim Templeton ist ein glückliches Kind — bis er eines Tages von einem Baby im Anzug Konkurrenz bekommt. Laut Tims Eltern ist dieses Baby sein Bruder. Und dieser Bruder verhält sich zu allem Übel auch noch wie ein erwachsener "Boss". Die beiden Brüder können sich nicht ausstehen. Doch eines Tages benötigt Boss Baby Tim als einen Komplizen für eine Geheimmission bei Baby Corp.