La cérémonie de clôture de la Ligue de Kalos est interrompue par des plantes géantes surgissant de partout dans le stade et menaçant même la ville d'Illumis ! Lysandre diffuse alors le message de la Team Flare : ils veulent créer un ordre nouveau, un Nouveau Monde où seuls les ' élus ' pourront les rejoindre ! Sacha et Alain s'élancent pour secourir Martine, mais Sacha est choqué de découvrir qu'Alain travaille avec Lysandre, et la Team Flare emprisonne Sacha au sommet de la Tour Prismatique. Ses amis tentent de l'aider mais un Zygarde en colère leur barre la route, jusqu'à ce qu'il soit pris à partie par un deuxième Zygarde, lorsque Pouic se transforme et révèle sa véritable identité ! Un affrontement semble inévitable entre les deux Zygarde !