Ayant appris qu'un signal a été repéré, sans doute émis par Mew et en provenance d'une île lointaine, Sacha et Goh partent pour en apprendre davantage. Sur cette île, ils rencontrent divers Pokémon dont tout un petit groupe particulièrement effrayé. Ils suivent ces Pokémon et, à leur grande surprise, Mewtwo apparaît ! Sacha et Goh lui parlent de leurs projets respectifs et Mewtwo accepte de les combattre, mais il possède une telle puissance qu'il est invincible. Après avoir été vaincus, Sacha et Goh comprennent que Mewtwo protège les Pokémon qui ont été maltraités par des humains. Mewtwo et les Pokémon quittent nos héros, les laissant complètement abasourdis par tout ce qu'ils viennent de découvrir !