Maja und Willi haben den Auftrag, die frisch geschlüpfte Ameisenprinzessin unbeschadet in ihr geheimes Königreich zu bringen — eine abenteuerliche Reise über Stock und Stein beginnt. Immer sind Maja und Willi dabei auf der Hut vor misslaunigen Käfern, denen die Babyprinzessin ein Dorn im Auge ist. Um deren Fallen und Nachstellungen zu entkommen, müssen sich die beiden mehr denn je auf sich selbst und die Hilfe all ihrer Freunde verlassen können. Voller Tatendrang erwacht Maja aus dem Winterschlaf. Da kommt es ihr gerade recht, dass ihr unerwartet eine höchst verantwortungsvolle Aufgabe übertragen wird: Sie soll eine goldene Kugel von Grünblatt zum Bonsaiberg bringen. Die Kugel allerdings stellt sich als Ei heraus, aus dem rasch die Ameisenprinzessin Smoosh schlüpft und zu allem Überfluss Willi für ihre herzallerliebste Mama hält. Willi ist damit reichlich überfordert, doch viel Zeit zum Nachdenken haben die Bienchen nicht. Begleitet von Eddy und Freddy, den beiden Ameisensoldaten, stellen sie fest, dass sie von einigen äusserst streitsüchtigen Käfern verfolgt werden, die Majas Mission verhindern und sich Smoosh unter den Nagel reissen wollen. Der Grund ist einfach: Die Käfer wollen verhindern, dass es mit der Prinzessin eine neue Ameisenkolonie in ihrem höchst eigenen Siedlungsgebiet am Bonsaiberg geben soll. So kommt es, dass sich Maja immer neue Kniffe einfallen lassen muss, um den Käfern zu entkommen, um mächtige Hindernisse zu überwinden und um Baby-Smoosh letztlich wohlbehalten am Ziel der Reise abzuliefern — eine Reise, die sich auch darin erfüllen muss, dass es Maja gelingt, Ameisen und Käfer wieder miteinander zu versöhnen. "Das geheime Königreich" ist nach "Die Biene Maja — der Kinofilm" (2014) und "Die Biene Maja — die Honigspiele" (2018) das dritte und letzte 3-D-Kinoabenteuer der neugierigen Biene Maja und ihres besten Freundes Willi.