Lorsque les Planctons apprennent que l'Académie est en faillite et va devoir fermer ses portes, ils partent pour une dernière aventure à la recherche d'un trésor légendaire, qui sauverait leur école. Mais très vite, ils se retrouvent perdus en mer... Jusqu'à l'arrivée inattendue du célèbre James Le Borgne ! Nos héros et le vieux pirate Pacha vont former un équipage loufoque et unir leurs compétences...