Lysandre continue à menacer le monde, mais nos héros se sont séparés et luttent sur tous les fronts ! Sacha et Alain affrontent Lysandre, tandis que Malva se range à leurs côtés. Pendant ce temps, Clem affronte le Zygarde menaçant, en chantant courageusement sa chanson à Pouic, à travers ses larmes... et l'influence de la Team Flare se dissipe au fur et à mesure que Zygarde reprend contact avec son amie.Lem entre dans la Tour Prismatique pour vaincre Xanthin et le Lemrobot se connecte au système de contrôle pour tenter de le fermer. En agissant ainsi, il va effacer sa propre mémoire, mais le Lemrobot insiste : ils n'ont pas le choix... et Lem accepte tristement. Il achève sa tâche et l'appareil de la Team Flare s'éteint... mais pour combien de temps ?