La Team Plasma tente toujours de mettre en oeuvre son plan diabolique : attraper des Pokémon pour utiliser leur puissance dans le but de dominer le monde. Deux acolytes, Schwarz et Weiss, ont capturé un Gueriaigle et sont en route vers le QG, mais ils se retrouvent bloqués par un barrage que N a construit. Ce dernier profite de leur distraction pour faire irruption dans leur camion et libérer Gueriaigle. Bien qu'ils parviennent à s'échapper, ils sont tous les deux blessés, et Gueriaigle porte un dispositif de repérage caché autour de son cou...